Tổng giám mục Giuse Nguyễn Chí Linh được tấn phong giám mục năm 2004, dưới thời Giáo hoàng Gioan Phaolô II, bởi:[19]

• Chủ phong: Giám mục chính tòa Giáo phận Nha Trang, Chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam Phaolô Nguyễn Văn Hòa.
• Hai vị Phụ phong: Giuse Ngô Quang Kiệt, giám mục chính tòa Giáo phận Lạng Sơn và Cao Bằng, Giám quản Tông Tòa Tổng giáo phận Hà Nội và Phaolô Maria Cao Đình Thuyên, giám mục chính tòa Giáo phận Vinh.

Tổng giám mục Giuse Nguyễn Chí Linh là Chủ phong nghi thức truyền chức giám mục cho giám mục:

• Năm 2018, Giuse Nguyễn Đức Cường, hiện là Giám mục chính tòa Giáo phận Thanh Hóa

Tổng giám mục Giuse Nguyễn Chí Linh là vị Phụ phong trong nghi thức truyền chức giám mục cho các giám mục:[19]

• Năm 2009, Giuse Nguyễn Năng, hiện đang là Tổng giám mục Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh.
• Năm 2010, Mátthêu Nguyễn Văn Khôi, hiện đang là Giám mục chính tòa Giáo phận Quy Nhơn.
• Năm 2015, Phêrô Huỳnh Văn Hai, hiện đang là Giám mục chính tòa Giáo phận Vĩnh Long.
• Năm 2016, Emmanuel Nguyễn Hồng Sơn, hiện đang là Giám mục chính tòa Giáo phận Bà Rịa.